プロテスタントのみ、都道府県別、太字は日本基督教団関係学校
| 学校名（法人所在地） | 関係した教派・教会名（設立時点） | 学校の種類 |
| 北星学園 （北海道札幌市） | アメリカ長老教会 | 中、高３、短、大 |
| 遺愛学院 （北海道函館市） | アメリカ・メソジスト監督教会 | 中、高 |
| 東奥義塾 （青森県弘前市） | アメリカ・オランダ改革派教会 | 高 |
| 弘前学院 （青森県弘前市） | アメリカ・メソジスト監督教会 | 幼、高、短、大 |
| 東北学院 （宮城県仙台市） | アメリカ・ドイツ改革派教会 | 幼、中、高２、大 |
| 宮城学院 （宮城県仙台市） | アメリカ・ドイツ改革派教会 | 幼、中、高、短、大 |
| 尚絅女学院 （宮城県名取市） | アメリカ・バプテスト教会 | 幼、中、高、短 |
| 敬和学園 （新潟県新潟市） | 日本基督教団 | 高、大 |
| 北陸学院 （石川県金沢市） | アメリカ長老教会 | 幼３、小、中、高、短 |
| 共愛学園 （群馬県前橋市） | アメリカン・ボード | 幼、中、高、短、大 |
| 茨城キリスト教学園 （茨城県日立市） | キリストの教会 | 幼３、中、高、短、大 |
| 東京キリスト教学園 （千葉県印西市） | 福音派超教派 | 大 |
| 三育学院 （千葉県夷隅郡） | セブンスデー・アドベンチスト教団 | 幼４、小７、中、短 |
| 聖学院 （東京都北区） | ディサイプルズ | 幼２、小、中２、高２、短、大 |
| 立教学院 （東京都豊島区） | アメリカ聖公会 | 小、中、高、大、英国立教学院あり |
| 女子学院 （東京都千代田区） | アメリカ長老教会 | 中、高 |
| 青山学院 （東京都渋谷区） | アメリカ・メソジスト監督教会 | 幼、小、中、高、短、大 |
| 頌栄女子学院 （東京都港区） | アメリカ長老教会 | 中、高、専攻科、英国カレッジあり |
| 東洋英和女学院 （東京都港区） | カナダ・メソジスト教会 | 幼２、小、中、高、大 |
| 明治学院 （東京都港区） | アメリカ長老教会、アメリカ改革派教会 | 中、高２（白金、東村山）、大 |
| 普連土学園 （東京都港区） | キリスト友会 | 中、高 |
| 香蘭女学校 （東京都品川区） | 日本聖公会 | 中、高 |
| 玉川聖学院 （東京都世田谷区） | チャーチ・オブ・ゴッド | 中、高 |
| 立教女学院 （東京都杉並区） | アメリカ聖公会 | 幼、小、中、高、短 |
| 東京女子大学 （東京都杉並区） | 北部バプテスト、加メソジスト、米メソジスト、 米長老、米改革派、ディサイプルズ | 大 |
| 国際基督教大学 （東京都三鷹市） | 超教派 | 高、大 |
| 関東学院 （神奈川県横浜市） | アメリカ・バプテスト教会 | 幼２、小２、中２、高２、短、大 |
| 横浜英和学院 （横浜市） | アメリカ・メソジスト・プロテスタント教会 | 幼、小、中、高 |
| 捜真学院 （神奈川県横浜市） | アメリカ・バプテスト教会 | 小、中、高 |
| フェリス女学院 （神奈川県横浜市） | アメリカ・オランダ改革派教会 | 中、高、大 |
| 横浜共立学園 （神奈川県横浜市） | 超教派 | 中、高 |
| 横須賀学院 （神奈川県横須賀市） | 日本基督教団 | 小、中、高 |
| 山梨英和学院 （山梨県甲府市） | カナダ・メソジスト教会 | 幼３、中、高、短、大 |
| 静岡英和学院 （静岡県静岡市） | カナダ・メソジスト教会 | 中、高、短、大 |
| 金城学院 （愛知県名古屋市） | アメリカ南長老教会 | 幼、中、高、短、大 |
| 名古屋学院大学 （愛知県瀬戸市） | アメリカ・メソジスト・プロテスタント教会 | 大 |
| 名古屋学院 （愛知県名古屋市） | アメリカ・メソジスト・プロテスタント教会 | 中、高 |
| 柳城女子学院 （愛知県名古屋市） | カナダ聖公会 | 幼３、短 |
| 岐阜済美学院 （岐阜県岐阜市） | アメリカ南長老教会 | 幼２、高、短、大 |
| 同志社 （京都府京都市） | アメリカン・ボード | 幼、中４、高４、大、女子大 |
| 平安女学院 （京都府京都市） | アメリカ聖公会 | 幼、中、高、短、大 |
| 梅花学園 （大阪府豊中市） | 梅本町公会（現大阪教会）、浪花公会 | 幼、中、高、短、大 |
| 大阪女学院 （大阪府大阪市） | アメリカ長老教会 | 中、高、短 |
| プール学院 （大阪府大阪市） | イギリス聖公会 | 中、高、短、大 |
| 桃山学院 （大阪府堺市） | イギリス聖公会 | 高、大 |
| 神戸女学院 （兵庫県西宮市） | アメリカン・ボード | 中、高、大 |
| 関西学院 （兵庫県西宮市） | アメリカ南メソジスト監督教会 | 中、高、大 |
| 聖和大学 （兵庫県西宮市） | アメリカン・ボード | 短、大 |
| 啓明女学院 （兵庫県神戸市） | アメリカ南メソジスト監督教会 | 中、高 |
| 松蔭女子学院 （兵庫県神戸市） | イギリス聖公会 | 中、高、短、大 |
| 八代学院 （兵庫県神戸市） | 日本聖公会 | 高、大 |
| 四国学院 （香川県善通寺市） | アメリカ南長老教会 | 短、大 |
| 松山学院 （愛媛県松山市） | アメリカン・ボード | 高 |
| 松山東雲学園 （愛媛県松山市） | アメリカン・ボード | 幼、中、高、短、大 |
| 広島女学院 （広島県広島市） | アメリカ南メソジスト監督教会 | 幼、中、高、大 |
| 梅光女学院 （山口県下関市） | アメリカ改革派教会、アメリカ北長老教会 | 幼、中、高、短、大 |
| 西南学院 （福岡県福岡市） | アメリカ南部バプテスト教会 | 保、幼、中、高、大 |
| 西南女学院 （福岡県福岡市） | アメリカ南部バプテスト教会 | 幼、中、高、短、大 |
| 福岡女学院 （福岡県福岡市） | アメリカ・メソジスト監督教会 | 幼、中、高、短、大 |
| 活水学院 （長崎県長崎市） | アメリカ・メソジスト監督教会 | 中、高、短、大 |
| 鎮西学院 （長崎県諫早市） | アメリカ・メソジスト監督教会 | 幼、高、大 |
| 九州ルーテル学院 （熊本県熊本市） | アメリカ一致ルーテル教会 | 幼、中、高、大 |
| 沖縄キリスト教短大 （沖縄市中頭郡） | 日本基督教団沖縄教区（当時沖縄キリスト教団） | 短 |
個人の創立によるキリスト教学校
基督教独立学園（山形県） 鈴木弼美氏（無教会系）
恵泉女学園（東京都世田谷区） 河井道氏
短大の川島先生のページ
桜美林学園（東京都町田市） 清水安三氏
近江兄弟社学園（滋賀県近江八幡市）ヴォーリズ氏
創立者がキリスト者である学校
玉川学園（東京都町田市） 小原国芳氏
日本女子大学（東京都文京区） 成瀬仁蔵氏
キリスト教教育学校同盟は日本のプロテスタント系キリスト教学校１０１法人によって組織されている団体です。このリストにない学校も入っています。(2002年ＨＰ開設）
今橋朗、徳善義和著『よくわかるキリスト教の教派』（キリスト新聞社刊）、『日本基督教団年鑑』（日本基督教団出版局刊）、『キリスト教年鑑』（キリスト新聞社刊）などを使用して坂下が作成。