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各目録等の項目設定や階層化は、個々の目録等の目的で異なり、シソーラス作成の困難さを島尾新氏は”検索システムと索引言語"(注65)で以下の問題点を挙げている。
- 同義語の統一（例：「絵巻」か「絵巻物」か。「絵巻」と「画巻」の同義性は。）
- 同一用語のさまざまな意味（例：「水墨画」「絵巻」。技法か作品群の絵画現象か）
- 複合語分割（例：「源氏物語絵巻」「慕帰絵詞」。源氏物語・絵巻は分割、慕帰絵詞は非分割。「源氏物語絵巻」と「源氏絵」との関連の問題）
- 複数の上位概念の存在（例:「源氏物語絵巻」は「源氏絵」「絵巻」双方の下位概念）
- 歴史用語の認識の違いによる差異（「白鳳時代」「奈良時代前期」は同一時代を指すが用語に含む意味の違い）など。